· MJonline 团队 · 行业观察 · 阅读约 7 分钟
低频突变假阴性26.8%，复杂融合漏检31.5%，测序报告阴性，不一定是真阴性
全国NGS室间质评：低频突变假阴性26.8%、复杂融合漏检31.5%，阴性报告未必是真阴性。
国家卫健委临床检验中心2026年9月15日发布的这份室间质评报告，覆盖全国 380家核心公立三甲医院病理科/检验科与第三方医学检验所。
结论分两截，差别很大：高频突变(VAF > 10%)检测，全行业一致性96.4% ，这部分没问题。
VAF 1%–5% 的低频区间，平均假阴性率骤增至26.8%；复杂基因融合的漏检与误判率达31.5%。
这两个数字意味着什么
伴随诊断不是实验室下游孤立出具的一张报告，它是靶向药物在患者体内的前端分子受体，它的分析效能直接决定了靶区人群的完整度与纯度。
前端系统性假阴性的后果是具体的：携带低频驱动突变或罕见融合的患者被错误归类为驱动基因阴性，进而被分流到低效的非特异性化疗，或存在超进展风险的免疫单药治疗。
对患者，这是错失一线靶向获益；对研究，这是在真实世界研究与注册临床中系统性拉低ORR与PFS，因为本该有效的人根本没被识别出来。
报告上写”未检出”,可能是真的没有,也可能是没看见。
两类实验室,短板不在同一处
报告打破了公立三甲一定强于第三方的固有认知，两类机构的能力缺口在流程的不同环节。
公立三甲医院病理科强在分析前。 院内病理医师能严格控制手术标本的离体冷缺血时间，通过H&E染色准确评估肿瘤细胞含量，并成熟开展宏观微切割以排除正常间质稀释。这一段是第三方拿不到的优势，标本一旦离开医院，前处理就已经定型了。
但公立医院弱在分析中与分析后。 测序通量受限、单次上机成本压力、生物信息学工程人员匮乏；多数采用中小Panel（< 50基因）且未常规配置UMI分子条形码纠错；生信分析依赖厂商固化流程，对低频突变常采取简单硬过滤截断，边缘丰度的真信号就这样被当成噪音滤掉了。
这正好解释了26.8% 这个数字是怎么来的：不是测不到，是被过滤掉了。
| 环节 | 公立三甲病理科 | 第三方医学检验所 |
|---|---|---|
| 标本前处理 | 优势：冷缺血时间可控、H&E 评估、宏观微切割 | 受限：标本离体后才接手 |
| 测序通量 | 受限，单次上机成本压力 | 通常更充裕 |
| UMI 纠错 | 多未常规配置 | 配置比例较高 |
| 生信能力 | 依赖厂商固化流程，硬过滤截断 | 专业团队，但前处理信息缺失 |
| 典型失误 | 低频信号被滤除 | 标本质量不可控导致的稀释 |
几件可以立刻做的事
其一，把NCCL公布的质控切点当技术锚标。 有了全国基线，实验室可以定位自己落在分布的哪一段，而不是只看自家阳性率。
其二，低频区间要配UMI。 没有分子条形码纠错，VAF 1%–5% 的区间在方法学上就难以可靠区分真变异与PCR/测序噪音。这不是调参能解决的。
其三，融合检测要补内含子捕获与转录本功能验证。 报告点名这两处是31.5% 误判率的来源，DNA层面捕获不到断裂点，或捕获到了却没验证转录本是否真的表达功能性融合。
其四，学术与规范要延伸到标本前处理SOP与分子肿瘤多学科会诊(MTB)。 检测质量的起点在手术室和病理科，不在测序仪。
其五，阴性报告的临床解读要留余地。 对高度怀疑驱动阳性却报阴性的病例，复检或换方法学是合理的临床动作。
需要说清楚的
其一，室间质评反映的是检测能力，不直接等同于每一份临床报告的质量。 质评样本与真实标本在质量上有差异，不宜把26.8% 直接读成四分之一的患者被漏诊。
其二，这是行业基线，不是对具体机构的评价。 报告的价值在于让每家实验室知道自己该补哪一段。
其三，本文不涉及任何具体产品、平台或机构的推荐与比较。 临床检测方案的选择应由临床与病理共同判断。
参考文献
国家卫生健康委临床检验中心. 全国肿瘤体细胞突变二代测序(NGS)室间质评真实世界数据分析报告（2026年版）. 2026-09-15.
本文由穆景循证 MJonline 编辑部原创。信息仅供医疗卫生专业人士参考，不作为诊疗建议。
